Молдобасанов - один из ведущих композиторов и музыкально-общественных деятелей Киргизии. Его наивысшие достижения связаны с жанром балета. Музыкальный язык композитора впитал в себя интонации и ритмы киргизского фольклора, древнего национального эпоса. Театральность - характернейшая черта композиторского мышления Молдобасанова - проявилась не только в его балетах, но и в произведениях других жанров - в симфонических и вокально-оркестровых сочинениях, в камерно-инструментальных пьесах и вокальных миниатюрах, а также в самом типе музыкальной драматургии. "У меня, я думаю, чувство театра наследственное... искусство отца - то главное впечатление, которое определило мою жизнь, мое дело. Рассказывал и пел он разное: и части "Манаса", особенно хорошо знал "Семетей", и "малый" эпос, сказки, истории племен... Многие драгоценные строки наших национальных сказаний были записаны от него. И от его друзей - манасчи. ...А ведь манасчи - не просто сказитель, не просто импровизатор, он непременно актер. ...Театр, в буквальном смысле слова, был неведом киргизу в дореволюционные времена, однако именно в таком опосредованном виде - через творчество манасчи - вошел издавна в жизненный опыт народа"...
Любовь к народной музыке композитор бережно хранит всю жизнь. Уже в 12 лет он играл в оркестре народных инструментов Киргизской государственной филармонии. В 1945 г. он поступил в Киргизское государственное музыкально-хореографическое училище, где занимался в классах скрипки и дирижирования. В 1950 г. Молдобасанов поступил на 2 курс Московской консерватории в класс оперно-симфонического дирижирования профессора Л. Гинзбурга. По окончании консерватории в 1954 г. он возвратился во Фрунзе и начал свою дирижерскую деятельность в Киргизском театре оперы и балета. Уже первое крупное произведение Молдобасанова - балет "Куйручук", написанный в соавторстве с Г. Окуневым (1960), - привлекло внимание яркостью, новизной и оригинальностью музыкального языка, красочностью оркестровки.Много лет это произведение украшает репертуар Киргизского академического театра оперы и балета им. А. Малдыбаева. ..."Отец много рассказывал об этом удивительном весельчаке, комике, которого боялись баи пуще целого войска" (о Куйручуке. - Н. А.). ..."Он мог "приклеить" баю такое прозвище, что весь народ подхватывал его и смеялся над баем. А где смех, там нет страха. Из рассказов наших аксакалов и составлено либретто балета о проделках Куйручука". Музыкальный материал балета отличается национальной характерностью, в нем сохранены метроритмические особенности народной инструментальной музыки. Балет-оратория "Материнское поле" (1974) занимает особое место в творчестве Молдобасанова и в киргизском искусстве в целом. Композитор создал произведение, по своей значительности не уступающее его литературному первоисточнику - одноименной повести Ч. Айтматова (либр. М. Ахунбаева и М. Баялинова). Балет воспевает подвиг советского народа в Великой Отечественной войне. Символом гуманистического пафоса этого сочинения стала простая женщина-крестьянка Толгонай - образ огромной обобщающей силы. В балете живут две Толгонай - молодая и старая (эта роль поручена драматической актрисе). Необычность сочинения заключается в том, что композитор вводит в него хоровую и сольную декламацию и пение. В драматургии важную роль играет еще один символический образ - Мать-земля (Материнское поле), партию которой в вокально-симфонических прологах к каждому из трех действий исполняет хор, это и сообщает сочинению черты оратории. В этих прологах сконцентрированы размышления Толгонай и ее диалоги с Матерью-землей. Замысел сочинения своеобразен еще и тем, что воспоминания Толгонай, потерявшей на войне мужа и троих сыновей, оживают непосредственно в балетном действии.
Важное место в творчестве Молдобасанова занимают программные оркестровые сочинения (танец "Юность, Танец труда, Танец тюльпанов, Весенний вальс", хореографическая сюита "Люди наших дней", симфонические картины "В стане Манаса" - 1978 и "Легенда" - 1977). Композитор обращался также к жанру инструментального концерта (Концерт для гобоя - 1976), к камерной инструментальной и вокальной музыке, писал музыку для детей (10 детских пьес для скрипки и фортепиано - 1963, цикл песен для сопрано с фортепиано "Счастливые дети" на ст. Т. Кожомбердиева - 1982). Своей республике Молдобасанов посвятил отмеченные яркой театральностью кантаты "Цвети, Киргизстан" (1966), "Ликуй, Киргизстан" (1972), "Цветущий город" (1979, к 100-летию г. Фрунзе). Одно из последних сочинений Молдобасанова - балет "Сказ о Манкурте", поставленный в 1987 г. на сцене Театра оперы и балета им. А. Малдыбаева (либр. М. Баялинова). В качестве сюжетной основы композитор взял легенду из романа Айтматова "И дольше века длится день. Легенда неизвестной далекой эпохи в спектакле созвучна нашему времени. Ее идея - жизненная необходимость памяти в широком смысле этого слова. Она и сегодня актуальна, как никогда", - говорит композитор. Используя мотивы киргизского фольклора и остросовременные музыкальные средства, Молдобасанов выходит за пределы национальной культуры и обращается к вечным, общезначимым ценностям. И в этом смысле его балет перекликается со многими произведениями современного искусства, отразившими сегодняшний взгляд на историю.